分为七个阶段：
① 审核准备：确定技术服务单位并签订咨询合同、组建审核小组、制定工作计划、开展宣传教育、召开会议和审核小组培训等。
② 预审核：企业现状调研、现场考察、评价产污、排污状况、确定审核重点、设置清洁生产目标、提出和实施无/低费方案。
③ 审核：收集资料、数据实测、建立物料平衡、分析废物产生原因、继续实施无/低费清洁生产方案。
④ 方案的产生：产生方案、分类汇总、筛选方案、研制方案、继续实施无/低费方案、评估已实施无/低费方案的实施效果。
⑤ 方案的筛选和确定：进行技术评估、进行环境评估、进行经济评估、推荐可实施方案。
⑥ 方案的实施：组织方案实施、汇总已实施的无/低费方案的成果、评价已实施和拟实施的中/高费方案的成果、分析总结已实施的中/高费方案对公司的影响。
⑦ 持续清洁生产：建立和完善清洁生产组织、建立和完善清洁生产管理制度、制定持续清洁生产计划、编制清洁生产审核报告。
在前面七个阶段实施后，向主管部门申请验收。